โรงเรียนเศรษฐบุตรบำเพ็ญเดิมชื่อโรงเรียนวัดแสนแสบ ก่อตั้งขึ้นปี พ.ศ.2453 ที่วัดแสนแสบ (ปัจจุบันคือ วัดแสนสุข) โดยอาศัยศาลาการเปรียญของวัดเป็นอาคารเรียนมีฐานะเป็นโรงเรียนประจำอำเภอมีนบุรี เปิดรับนักเรียนแบบสหศึกษามี นายพุด จารุวัฒนะ เป็นครูใหญ่ ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.2468 นายพุด จารุวัฒนะ ถึงแก่กรรม ทางราชการได้มีหนังสือ โดยแต่งตั้งให้ นายณรงค์ วิริยินทะ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ต่อมา นายณรงค์ วิริยินทะ ร่วมกับทางราชการได้ย้ายโรงเรียนเข้ามาอยู่ในแหล่งชุมชน เพราะสถานที่เดิมการคมนาคมไม่สะดวก โดยนายเลิศ เศรษฐบุตร เจ้าของบริษัท เรือเมล์ขาวได้สละทุนทรัพย์จำนวน 7,000 บาท สมทบกับงบประมาณจากกระทรวงธรรมการ จำนวน 4,850 บาท สร้างอาคารเรียนหลังใหม่บนเนื้อที่ 3 ไร่เศษ ในตัวเมืองมีนบุรี เป็นอาคารชั้นเดียวทรงปั้นหยา มี 5 ห้องเรียน สร้างเสร็จและทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2471 ประธานในพิธีคือ พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าธานีนิวัฒน์ เสนาบดีกระทรวงธรรมการ ในสมัยนั้น และได้ยกฐานะเป็นโรงเรียนประจำจังหวัด ใช้ชื่อว่า โรงเรียนประจำจังหวัดมีนบุรี (เศรษฐบุตรบำเพ็ญ) มีพระยาภักดีนรเศรษฐ หรือ นายเลิศ เศรษฐบุตร เป็นผู้อุปการะโรงเรียน ในปี พ.ศ.2475 ทางราชการได้ยุบจังหวัดมีนบุรีให้เป็นอำเภอหนึ่งขึ้นกับจังหวัดพระนคร โรงเรียน จึงเปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนเศรษฐบุตรบำเพ็ญ และเมื่อวันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ.2488 พระยาภักดีนรเศรษฐ ได้ถึงแก่อนิจกรรม คุณหญิงสิน ภักดีนรเศรษฐ จึงรับเป็นผู้อุปการะโรงเรียน
